alldn,
Здравствуйте, если не секрет на чем пишете?

alldn,
Уважаю, сам писал на ассме, только недавно начал вникать в GCC,
может просто взять за основу код ардупилота?

alldn,
Блин, ну точно мой случай!, но GCC подкупает тем что допустим математику на нем проще организовать, для GPS  придется работать с тригонометрией
ну а на асме конечно приятнее работать с портами, прерываниями легче учитывать время выполнения и т.д.

Спасибо за пожелания. Да, тригонометрия конечно усложняет задачу. Но и это можно решить. Во-первых можно попробовать упростить задачу, ведь нам нужен конкретный случай обработки, ну в крайнем случае напишем свое. Когда я был молодой стьюдент, дипломная работа у меня была именно библиотека прикладных программ на ассемблере, в которую входили различные функции, в том числе и тригонометрия, экспоненты, логарифмы и прочее... И все это умещалось в 2 килобайта и работало на процессоре 8080, да еще и с плавающей точкой. Да если покопаться наверное можно и кучу готовых решений найти.
Бум работать.

PSergey,
У меня есть немного материала по этим темам, но я еще не начинал работать и вникать в проблему. Собственно я не отклоняю и вариант написать все это на Ардуино. Там все просто и дешево. Библиотеки для работы с серваи и GPS есть готовые. Уже готовые функции рассчитать курс есть. Там и думать-то не нужно.
В Ардуино мне пока не понятно как реализовать нужное мне прерывание, как-то это там описано невнятно и упрощенно.

PSergey,
Сергей, я и не собираюсь заниматься вычислением длительности каждого канала. Это мне совершенно не интересно.

Алгоритм такой:

5 входов с каналов задействуются в прерывание по изменению состояния любого порта.
Как только что-то изменилось на любом из этих выводов, я по прерыванию копирую эти 5 входов в соответствующие 5 выходов.
Т.е. выходы всегда повторяют состояние входов, получается прозрачное управление с приемника сервами.
Еще есть ячеечка памяти, которая всегда в этом прерывании обнуляется.

Это что касается прерывания. Далее:

В основном цикле программа крутится и постоянно пытается инкрементировать эту ячейку памяти, и проверить, не равна ли она FF. Но достичь этого не получается, потому что прерывание постоянно сбрасывает ее в 0.
Если вдруг пропадает управление от приемника - обрыв связи, то через некоторое время основной цикл досчитает-таки до FF и по этому поймет, что связи нет, и перейдет в процедуру неспешной выдачи в каждый канал нужного импульса.  Для установки рулей в нужные положения (и остановки мотора).
Ну и далее можно будет неспешно обсчитат координаты и делать выводы куда лететь.
Так что рваться и каждый импульс замерять длину, да потом формировать на выходе точно такой же нет никакой надобности.

Да, как только связь восстановится, опять начнут наботать прерывания, опять будет повторяться состояние входов на выходы (восстановится управление) и по ячейке=0 программа перейдет в режим ожидания.