Лучше скажите под что делать то
Ибо в 3D Max и Мая только под рендер - те под красивые рисунки.
Солид - под изготовление объемных моделей и развертки с них.
Автокад хорош для разверток и для создания чертежей, в нем можно собрать 3D модель из 2мерных чертежей. Позволяет экспортить под чпу станки.
Компас 3D - в нем можно изготовить чертежи моделей.

Так что, прежде чем выбирать программу необходимо решить - а что именно вы ожидаете в конце.

Тогда без разницы, если нужно внешний вид прикидывать - то в автокаде, если просто чертежи то бесплатный компас 3Д.
Только я бы рекомендовал найти готовые чертежи и сделать по ним.

А зачем сам мотор то? Обычно мотор стоит в корпусе.

Может и будет но всяко меньше чем в сам мотор)) Тем более там не отверстие а трубка и в ней вал. Посмотрите как собраны готовые лодки на ХС

Я думаю чучуть воды БК мотору не сильно повредит)) Главое чтоб не попало в регулятор или приёмник. У  меня на плосколете регулятор глючил не по детски после попадания воды в него. А приемник просто дорогой))
З.Ы. Если все правильно сделать то вода и не должна идти через эту трубку.  Еще надо сверху закрыть чтоб волной не захлестнуло!))

А киль обязательно нужен?Я просто делаю с плоским дном, но если что, есть идеи как сделать киль!