Сам микроконтроллер не сгорит, он 5,5 В штатно держит. Но он работает в другом режиме: напряжение понижено, частота понижена, энергопотребление понижено. Соответственно, фьюзы настроены по другому.
   Логика работы такая: данные, считанные из пульта в ОЗУ, записываются в EEPROM контроллера. При передаче в пульт данные из EEPROM считываются в ОЗУ, передаются в пульт. После этого пульт возвращает принятые данные обратно, они записываются в ОЗУ и сравниваются с содержимым EEPROM. Если запустилась верификация данных, значит обмен прошёл успешно. Ошибка возникает, вероятнее всего, на этапе работы с EEPROM. А вот здесь пониженные частота и напряжение могут сильно повлиять на скорость записи. Скетч очень простой и  процесс записи в EEPROM не контролируется, просто выдерживаются паузы, достаточные для выполнения цикла записи и чтения. На пониженной частоте паузы могут быть недостаточные. Попробуйте заменить контроллер, должно всё заработать.
P.S.  Скетч специально написан простейшим языком без высокоэффективных, но плохо читаемых конструкций, которые обычно применяются при написании профессиональных программ на С. Не используются указатели, прерывания и т.д. Програмный код неэффективный, но зато легко читается и может легко модифицироваться.

CrackoMod написал(а):

Заказал такую версию Arduino как в статье. Посмотрю, может и правда дело в тактовой частоте. По крайней мере будет чистота эксперимента ))))

Наконец-то прибыла ардуинка идентичная той что у автора. Без внесения каких либо изменений, после замены ардуинки все отлично заработало. 3х вольтовая ардуинка ушла в другой проект где крутит теперь шаговики.
Автору статьи огромное СПАСИБО!!!.
З.Ы. думаю будет не лишним, добавить в статью инфо о том что Arduino Pro Mini 3.3V (8 МГц) в данном случае не подходит.

На новогодние праздники собрал с детьми несколько гирлянд на таких контроллерах. В январе, когда всё разберём, освободится кучка плат. Предложение: в качестве помощи начинающим моделистам готов подарить 5-6 штук запрограммированных, настроенных приставок с 3 светодиодами и 3 кнопками (без корпуса и разъёма). Единственная проблема - я живу в Латвии и пересылка почтой обойдётся в несколько раз дороже самих плат. Если кто-то в Москве возмётся разослать желающим по почте, то я постараюсь найти возможность передать их в Москву. Может кто желает помочь в этом деле?

Планирую быть в Москве 28-30 января, могу привести 4 приставки. Только есть проблема - буду не один, сопровождаю группу молодёжи 30 человек на конференцию, свободного времени не будет ни минуты, куда-то подъехать не смогу. Может быть кто-то сможет подъехать и забрать? Место пребывания пока не знаю, ближе к поездке уточню. Но точно в черте города

Уважаемые владельцы пульта HK 2.4Ghz 6Ch ! В Москве имеется 4 приставки к этому пульту с тремя светодиодами, в виде спаянной и запрограммированной платы Arduino. Нужно сделать только корпус и штекер. Позволяет в поле быстро записать настройки одной из 7 моделей в пульт. ОТДАМ БЕСПЛАТНО.