Лучше всего сделать 2 отдельных 3S и соединять их на время полета силовыми проводами параллельно. Так как заряжать 2P акки надо или спец зарядкой (не видел на ХС) или на время зарядки переключать на 6s1p.
Проще всего это сделать разделив на 2 3S1P. Фактически нужно 2 балансирных колодки 3S и пару переходников для силовых проводов - один соединяя последовательно для зарядки (+ плата параллельной зарядки), второй для полета - соединяет параллельно силовые провода.
В статьях есть о параллельной зарядке, там я переделывал плату для зарядки 2-х 3S в  2S. По дорожкам можно разобраться как объединяются 3S батареи в 6S.