Андрей,
На ваших скриншотах синяя стрелка должна быть проведена от поперечной оси у, а не от края окошка программы. На первой же картинке видно, от чего отсчитывается. То есть на третьем скриншоте стрелки не должно быть вообще, так как у вас стоит 0. Далее, x_NP - очевидно расстояние до нейтральной точки (neutral point), то есть до аэродинамического фокуса крыла. По первым двум значениям, я думаю ваша догадка верна. Это рекомендуемое положение Ц.Т. с различным запасом продольной устойчивости в процентах.
А про значение в синем окошке - так это если вам удобнее (нужно или хочется) измерить положение Ц.Т. от носка модели, а не от носка крыла, то задайте этот размер. Я, например, не знаю к какой длине отнесены расстояния между крылом и стабилизатором при расчете процентов запаса устойчивости. Обычно это длина всей модели от носа до хвоста. Вот и задавайте этот размер, чтобы учесть расстояние от носа модели до крыла. Мне так кажется...
Удачи!

Андрей,
По поводу длины носа самолета должен заметить, что это не играет роли только для статической устойчивости, если центровка правильная, как вы верно заметили. Но для динамической устойчивости это далеко не так. Момент инерции модели относительно поперечной оси сильно зависит от длины "носа", и конечно от веса того, что в нем находится (мотор, кок, винт, бак с топливом или регулятор с батареей), так как это произведение массы на КВАДРАТ расстояния от этой массы до поперечной оси. А устойчивость относительно поперечной оси - обратная сторона управляемости по тангажу. Так что при проектировании приходится выбирать - что вам важнее.
Удачи!

Андрей,
По второй программе мы знаем автора. Это Алексей (Jorgy). Адресуем вопрос ему. Я лично понял, что это рекомендуемое положение Ц.Т., как обычно, в процентах от САХ. При каком запасе статической устойчивости - в этом весь вопрос.
А если у вашей модели такой длинный нос, то бороться с недостаточной управляемостью по тангажу придется увеличением площади РВ и угла его максимального отклонения (т.е. расхода).
Успешных полетов!