Посмотрел еще раз, да, правильно, я сначала и не обратил внимание, что внизу размещены процедуры обработки прерывания и больше ничего нет.
Обычно они до main размещаются.
так по программе трудно что-то сказать, я в С небольшой специалист, пишу всю жизнь на ассемблере.

Нашел в чем беда, поправил код. В ближайшее время попытаюсь доделать в железе, и вернусь к теме топика.

wert написал(а):

#define F_CPU 9600000UL

#include <avr/io.h>
#include <avr/interrupt.h>

volatile unsigned int Tick;   // 100KHz pulse
volatile unsigned int inPulse;   // Servo input pulse variable
volatile unsigned int inPulseRev;   // Servo input reverse pulse variable
volatile unsigned int inPulseBuf;

int main (void)
{
   sei(); //  Enable global interrupts
   
   //Port config
   DDRB |= (1<<PB0)|(1<<PB2); // PB0 and PB2 as output
   DDRB |= (0<<PB1); // PB1 as input
   
   //Timer config
   TCCR0A |= (1<<WGM01); // Configure timer 1 for CTC mode
   TIMSK0 |= (1<<OCIE0A); // Enable CTC interrupt
   TCCR0B |= (1<<CS00); // No prescaler
   OCR0A = 95; // Set CTC compare value 10*10^-6 sec per interrupt
   TCNT0 = 0;
   
   //Var input
   Tick = 0;
   inPulse = 150;
   inPulseBuf = 150;
   
   //Int0 config
   MCUCR |= (0<<ISC01)|(1<<ISC00); // any logical changes
   GIMSK |= (1<<INT0); // enable interrupt INT0
   
   

   while(1)
   {
   
   }
}


ISR(INT0_vect)
{
    
      if (PINB & (1 << PB1))
         {
           TCNT0 = 0; //clear counter
           Tick = 0; // clear var
           PORTB |= (1<<PB0)|(1<<PB2); //start pulse
           inPulse = inPulseBuf;                      
           inPulseRev = 300 - inPulse; // calc reverse pulse             
         }
      else
         {           
           inPulseBuf = Tick; //read pulse                      
         }
      
}

ISR(TIM0_COMPA_vect)
{
   Tick++;
   
   if (inPulse > 0)
     {
       inPulse--;       
     }
  else
     {
        PORTB &= ~(1<<PB0);
     }

  if (inPulseRev > 0)
     {
       inPulseRev--;       
     }
  else
     {
        PORTB &= ~(1<<PB2);
     }
   
}